本殿　（国宝）　桧皮葺　

　上記写真の覆屋（おおいや）の中に、一間社流造（いっけんしゃながれづくり）の三つの内殿があり、三神を祀る。（推定では平安時代後期のもの。神社建築として日本最古）。覆屋は内殿を保護するために、鎌倉時代に造られたものと考えられている。 左右の内殿の扉には、それぞれに一対計四面の扉絵が描かれており、両殿の正面頭貫（かしらぬき）上にある蛙股（かえるまた）は、本来の補強のためではなく装飾として用いられており、京都醍醐寺薬師堂、平泉中尊寺金色堂と共に藤原時代の三名蛙股といわれる。